Los capítulos regionales agrupan a los afiliados Uniandinos que residen en una misma zona geográfica. Estos capítulos promueven su misión, visión y objetivos en la zona donde se ubican. Así mismo promueven la integración y trabajan fomentando los vínculos interdisciplinarios mediante la participación en las actividades de la asociación. En la actualidad hay dos capítulos regionales conformados: regional norte con sede en Barranquilla y regional suroccidente con sede en Cali.